吉林大学人兽共患病研究所是我国首家从事人兽共患病研究的专职研究机构和国家首批人兽共患疫病学博士点单位。研究团队为2007年度教育部创新团队。 为及时应对人兽共患病肆虐的严峻形势，吉林大学整合了农学部、医学部等相关学科资源于2006年1月成立了世界上首家人兽共患病专职研究所—吉林大学人兽共患病研究所，并于2006年6月筹建人兽共患病研究教育部重点实验室，2007年通过验收。2009年8月与中国医学科学院病原生物学研究所共建人兽共患病研究中心。

自成立以来研究所与重点实验室科研人员充分发挥自身所具有的医学和兽医学学科交叉优势，逐步形成了以人兽共患病病原检测、流行病学调查、药物靶标筛选、致病机理等为突出特色的研究方向。特别在高致病性禽流感、甲型流感病毒、狂犬病、结核杆菌病、布鲁氏菌病、蜱传疾病及动物源性食品重要人兽共患病病原（如旋毛虫、华支睾吸虫、隐孢子虫、血吸虫、弓形虫）、动物性食品卫生与安全等方面开展了广泛与深入的研究，部分研究成果居国际前沿水平。

研究所现有科研人员36人，包括教授13人，副教授8人，讲师4人。其中国家杰出青年基金获得者1人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人、国务院政府特殊津贴获得者1人、教育部新世纪优秀人才1人、中国青年科技奖获得者1人、国际相关专业委员会副主席1人。主持国家重点研发计划项目1项、国家杰出青年科学基金课题2项，国家自然科学基金重点项目2项，国家自然科学基金重大国际合作项目2项，“973”计划项目子课题2项，“863”项目2项，国家自然科学基金面上项目等在内的各类基金课题200余项，合同经费达5500余万元。获省部级科技进步一等奖2项、二等奖2项；获国际及国家授权发明专利12项；出版专著、教材8部；发表科研论文749篇（其中SCI论文450篇）。成立了吉林省人兽共患病学会、世界动物卫生组织（OIE）亚太区食源性寄生虫病协作中心，并成功申办了第十三届国际旋毛虫病会议（2011－长春）。 研究所现有科研用房4080㎡，拥有近2500万元的大型仪器设备，其中包括透射电镜、扫描电镜、激光共聚焦显微镜、流式细胞仪、2-D双向电泳系统等先进仪器，从而为开展各类相关研究提供了良好的硬件平台。