在国际上首次利用计算生物学技术将全基因组信息可视化，建立了基因组条形码泛基因组注释平台，并成功用于致病微生物的鉴定与分类，使病原体的分子分型与临床疾病符合性更高，为疾病发生与发展的诠释提供崭新视角。该技术被国际著名基因组学家Takashi Gojobori和香港大学的Huang Q充分肯定，并指出它将引领微生物基因组的未来发展方向。

（2）建立了麻疹野毒株分子进化系统平台

在国际上率先构建了迄今为止最大的麻疹病毒和冠状病毒 N 基因序列数据集，应用最新的贝叶斯-马科夫链方法进行动态的分子进化研究，估算各基因亚型的出现时间、突变速率、传染源头、流行趋势等，在感染性疾病的流行控制及新型疫苗研发中已显示出了重要价值。法国著名病毒学家Camille Lévy教授肯定了本研究麻疹病毒基因变异是造成疫苗效果不佳的主要因素，为新型病毒疫苗的研发提供了重要依据。

（3）扫描验证了结核分支杆菌诊断靶标的泛基因组

通过泛基因组高通量扫描得到诊断结核分枝杆菌的基因标志物，并进行了大规模临床验证，建立了杂交信号扩增新技术及结核必需基因web数据库平台，为国内外需求者提供服务。相关成果已被国内多家医院应用和推广。